环境配置

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev
sudo rm /var/lib/apt/lists/lock
sudo apt-get update

sudo apt-get install libblas-dev checkinstall
sudo apt-get install libblas-doc checkinstall
sudo apt-get install liblapacke-dev checkinstall
sudo apt-get install liblapack-doc checkinstall

sudo apt-get install libatlas-base-dev

#Lapack and UMFPACK
sudo apt-get install libsuitesparse-dev

sudo aptitude libnetcdf-dev libboost-random-dev
sudo aptitude libnetcdf-cxx-legacy-dev

#openmpi gmsh 已安装 libopenmpi-dev和openmpi-bin
sudo aptitude install libopenmpi-dev openmpi-bin openmpi-doc

sudo apt-get install -y libparmetis-dev
sudo apt-get install –reinstall libopenmpi-dev

In the source directory execute the following (substitute jessie for XXXX):
scons -j1 options_file=scons/yang_options.py
If you wish to test your build, you can use the following:
scons -j1 py_tests options_file=scons/yang_options.py

run:
/home/yang/dddd/src/bin/run-escript grav_netcdf.py

pip install pyproj

LAPACK、BLAS的编译
  LAPACK是一个高性能的线性代数计算库。我已经在Ubuntu下编译成功,不想编译它的读者可以直接下载我编译的结果lapack4Bundler.zip,解压后共3个文件,将它们拷贝到Bundler工程的lib文件夹里即可。如果想体验LAPACK的编译过程,则可以参考下面几步:
  首先下载LAPACK编译包,下载地址为: http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.8.0.tar.gz,目前官方放出的最新版是lapack-3.8.0.tgz:
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.8.0.tar.gz
  下载完后解压:
tar -xzvf lapack-3.8.0.tar.gz
  在make之前,需要先创建一个make.inc文件,可以直接根据make.inc.example创建:
cd lapack-3.8.0
cp make.inc.example make.inc
  如果是使用Ubuntu+gfortran,则无须更改make.inc里的内容,否则需要根据系统环境和编译器修改文件里对应的选项。LAPACK依赖BLAS,因此在编译LAPACK前需要提供BLAS包,所幸LAPACK里已经集成了BLAS包,但默认并不编译它。要想编译LAPACK前先编译BLAS,需要修改一下makefile:
gedit Makefile
  光标定位到第11行并将内容改为:
lib: blaslib lapacklib tmglib
  保存退出,然后开始make整个工程。
make
  编译完成后,目录下将生成blas_LINUX.a、lapack_LINUX.a和tmglib_LINUX.a三个文件。

简单讲述下在 Ubuntu 中安装 OpenMPI 的过程。
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.0/

  1. 下载OpenMPI

在官网上下载最新版本的安装包,如:openmpi-3.0.0.tar.gz
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.0/downloads/openmpi-3.0.0.tar.gz

  1. 解压并进行配置

tar -zxvf openmpi-3.0.0.tar.gz
cd openmpi-3.0.0
./configure –prefix=”/usr/local/openmpi”
注意最后一行是将其安装到 /usr/local/openmpi目录下,可以指定为其他目录,如,用户目录下。

  1. Build 并安装

make -j4
sudo make install
可以在make后加参数-j8, 表示用8核编译

  1. 添加环境变量

在.bashrc文件中添加下列几行

export PATH=”$PATH:/usr/local/openmpi/bin”
export LD_LIBRARY_PATH=”$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib/“
保存后,执行

sudo ldconfig
打开新的终端,使环境变量生效。

  1. 测试是否安装成功

mpirun

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